1. Extras - Einstellungen - Erweitert - Allgemein -> "Konfiguration bearbeiten"
   2. Folgende Meldung mit "Ich werde vorsichtig sein, versprochen!" bestätigen
   3. nach mailnews.default_sort_order suchen und mit Doppelklick den Wert auf 2 ändern.
   (1 = aufsteigen(default) | 2 = absteigend)
   4. Thunderbird schließen

Diese Einstellung legt jetzt alle neuen Ordner mit absteigender Sortierung an. Bestehende Ordner werden leider nicht direkt geändert. Hierfür gibt es aber auch eine einfache Lösung:

   Im Explorer den Profil-Ordner aufrufen (standardmäßig: C:\Dokumente und Einstellungen\xxxx\Anwendungsdaten\Thunderbird\Profiles\xxxxxxx.default)
   Mit STRG+F oder über "Rechtsklick - Suchen" im Profilordner nach *.msf suchen und alle Dateien löschen (vorher ausgeblendete dateien einblenden)